主題

培訓內容

GROMACS基礎

1. 1 分子模擬入門理論——對分子動力學模擬原理游刃有余

2. 1.1 基本假設

3. 1.2 主要算法介紹：最速下降法、共軛梯度法

4. 1.3 積分步長的選取

5. 1.4 溫度和壓力控制

6. 1.5 周期性邊界條件

7. 1.6 分子動力學模擬流程

GROMACS入門操作

1. 2 GROMACS入門操作基礎

2. 2.1 Linux命令入門基礎——熟練掌握GROMACS所用的Linux命令

3. 2.2 GROMACS的win版linux版編譯安裝——學會編譯方法，針對自己體系編譯軟件

4. 2.3 GROMACS涉及的各種輸入輸出文件參數介紹

5. 2.4 GROMACS力場介紹——深度探究力場具體形式，為以后創建自己體系做準備OPLS為例，力場的各種參數說明

6. 3 GROMACS建模——掌握基本操作流程——使學員具有扎實的技術基礎

7. 3.1 Packmol，GaussView，vmd等建模軟件的使用

8. 3.2 建立各種體系模型
混合模型、界面模型、球體模型等

9. 3.3 小分子各種力場TOP文件的建立，x2top, prodrg, ATB,itp, top的結構以及參數說明

10. 3.4 建立均相、多相體系

11. 3.5 如何修改力場參數